Le Ninja est un être humain capable de maîtriser le Chakra. Selon le Chakra, plusieurs affinités sont possible pouvant donner naissance à différents jutsus. Le Chakra lui permettra aussi de se déplacer furtivement et d'accomplir des sauts surnaturel de plusieurs mètres par exemple, ou même de marcher sur l'eau.
Pour résumer, le terme "Chakra" désigne l'énergie intérieure de tout ninja. Elle leur est indispensable pour exécuter leurs techniques (jutsus). Le Chakra est composé de l'énergie spirituelle produite par l'expérience et l'entraînement et de l'énergie corporelle produite par les cellules du corps. Cela varie selon l'individu. Lorsque l'on veut utiliser du Chakra pour un jutsu par exemple, il faut le malaxer, c'est à dire mélanger une dose bien précise d'énergie de chaque type.
De plus, pour exécuter un jutsu, il ne s'agit pas seulement de malaxer une certaine quantité de Chakra, il faut aussi exécuter certains signes appelés "mudras" avec les mains.